| בן גוריון מינה את ישראל גלילי לראש המפקדה הארצית של ההגנה לקראת פרוץ מלחמת העצמאות, משום שב''סמינר'' שלו על בעיות הביטחון, באמצע 1947, הבין בן גוריון שהכוח היחיד שעמד לרשות היישוב לקראת פרוץ המלחמה היה הפלמ''ח. ישראל גלילי שהיה ממנהיגי ''סיעה ב' שפרשה ממפא''י, ממנהיגי הקיבוץ המאוחד וממנהיגי התנועה לאחדות העבודה אמור היה להביא את הפלמ''ח האופוזציוני, להישמע לבן גוריון, אך דרך גלילי.
בן גוריון גם קיווה כי גלילי יסייע לו להחזיר את סיעה ב', שהיתה לתנועה לאחדות העבודה, למפלגת האם מפא''י. אך התנועה לאחדות העבודה התאחדה עם השומר הצעיר והיתה למפ''ם, שנחשבה לאופזציה החזקה ביותר למנהיגותו של בן גוריון, יותר מן הרוויזיוניסטים וממנחם בגין.
גלילי לא סיפק את הסחורה בעניין הפלמ''ח כי הפלמ''ח לא היה ממושמע כפי שקיווה בן גוריון. לפיכך לקראת הקמת המדינה, במאי 1948 הדיחבן גוריון את גלילי מתפקידו וזה הביא למרד במטה הכללי ממש לפני הקמת המדינה. בן גוריון נכנע אך לא החזיר את ישראל גלילי לתפקידו אלא מינה אותו לסגנו ולא נתן לו שום סמכויות וכך פרש גלילי למעשה ממערכת הביטחון.
בפרשת דיר יאסין גלילי איננו עד אוביקטיבי ומהימן כי הוא הורה למאיר פעיל לחולל את הפרובוקצייה על הרצח והוא העביר את הדיווח של פעיל לבן גוריון ולאחרים, לרבות ליהודים מחוץ לארץ שבאו לכינוס של הוועד הפועל הציוני, כאילו המדובר באירועים האמיתיים. |